Sau khi Đế quốc Nhật Bản đảo chính thực dân Pháp vào ngày 9 tháng 3 năm 1945 [2], Hoàng đế Bảo Đại khi đó đã tuyên bố nền độc lập trên danh nghĩa với sự bảo hộ của Nhật Bản. Ngày 11 tháng 3 năm 1945, ông tuyên bố hủy bỏ Hòa ước Quý Mùi 1883 và Hòa ước Giáp Thân 1884. Chính phủ mới được thành lập ngày 17 tháng 4 năm 1945, đứng đầu là học giả Trần Trọng Kim - thường được gọi là Nội các Trần Trọng Kim. Quốc hiệu được đổi thành Việt Nam Đế quốc, ngày 8 tháng 5 năm 1945 chọn cờ quẻ Ly làm quốc kỳ.

Cờ quẻ Ly về danh nghĩa là quốc kỳ của ba miền Bắc Kỳ - Trung Kỳ - Nam Kỳ, nhưng Nam Kỳ hoàn toàn nằm trong tầm kiểm soát của Đế quốc Nhật Bản, lá cờ duy nhất sử dụng tại đây là quốc kỳ Nhật Bản. Ngày 14 tháng 8, Nhật Bản đầu hàng khối Đồng Minh, Nam Kỳ được trao trả cho Việt Nam Đế quốc nhưng 16 ngày sau đó thì Hoàng đế Bảo Đại tuyên chiếu thoái vị (chiều ngày 30 tháng 8) trước sức ép của Mặt trận Việt Minh, chính thể Việt Nam Đế quốc cũng giải tán. Bởi vậy, Nam Kỳ thực tế chưa bao giờ sử dụng cờ quẻ Ly.